Verdens helseorganisasjon (WHO) sier de er særlig bekymret fordi den lille jenta kjørte buss i over 100 mil etter at hun utviklet symptomer på ebola.
Svært mange mennesker kan derfor ha vært i kontakt med den syke toåringen, skriver BBC.
– At barnet hadde symptomer i løpet av bussturen er spesielt bekymringsfullt, siden det betyr mange muligheter for eksponering og høyrisiko-eksponering overfor mange mennesker, sier WHO.
Over 40 personer er satt i karantene, og følges nøye for å se om de utvikler symptomer på blødningssykdommen.
Moren døde
Den to år gamle jenta er det første bekreftede ebolaofferet i Mali. Hun kom til landet fra Guinea, et av landene som er verst rammet av den dødelige epidemien.
Moren til jenta døde av ebola for et par uker siden, og jenta ble hentet av slektninger for å bo i Mali.
- Les også: – Vi fikk bare plass hvis vi stablet de døde
- Les også: Kampen mot ebola må økes for å stanse spredning
Det er på reisen fra Guinea til Mali WHO frykter flere kan ha blitt smittet. Jenta og slektningene reiste nemlig med buss, en reise som er på over 1000 kilometer. På denne bussreisen skal jenta ha vist symptomer på ebola, uten at BBC skriver noe om hvilke symptomer dette skal ha vært.
Uansett er muligheten til stede for at personer som har vært i kontakt med toåringen på bussreisen, har blitt eksponert for smitte.
Sender eksperter
Mali er nå det sjette landet i Vest-Afrika hvor ebola er påvist. Nigeria og Senegal er blant landene som har hatt smitte påvist, men som siden er erklært smittefrie.
WHO har nå sendt eksperter til Mali for å forsøke å begrense smitteomfanget. Talsperson for organisasjonen Fadela Chaib, forteller til BBC at tre eksperter er på plass i landet, og at minst fire vil bli sendt i løpet av de kommende dagene.
- Les også: Over 100.000 doser ebola-vaksine snart klar
- Les også: Her klemmer Obama ebola-frisk sykepleier
Sierra Leone, Guinea og Liberia er landene som er hardest rammet av epidemien og Mali har forberedt seg på at smitten også kan komme til dem. Når det nå er et bekreftet tilfelle trappes kampen mot sykdommen opp.
Så langt har ebola tatt over 4.900 liv og nesten 10.000 mennesker er registrert med smitte.
Helsearbeider i karantene
Fredag kom nyheten om at New York hadde fått påvist sitt første smittetilfelle, da legen Craig Spencer ble innlagt på sykehus. Spencer hadde vært i Guinea på arbeidet og utviklet symptomer etter at han kom tilbake til USA.
En annen helsearbeidet som landet på Newark flyplass ble satt i karantene etter at hun kom tilbake fra Vest-Afrika hvor hun hadde behandlet pasienter. Vedkommende har ikke fått påvist smitte, men fikk feber etter at hun ble innlagt på sykehus og holdes isolert til man kan fastslå årsaken.