Det sier operatørselskapet TEPCO, ifølge nyhetsbyrået Reuters.
Tidligere onsdag opplyste japanske atomsikkerhetsmyndigheter at arbeidere ved kraftverket måtte trekke seg tilbake fra reaktor 2 grunnet kraftig stråling.
Mannskapene på stedet har også tidligere vært nødt til å ta pauser på grunn av høye strålingsnivåer.
– Fortsatt ikke kontroll
– Svart røyk fra reaktor tre tyder på brann der. Dette er nok et tegn på at situasjonen ved kjernekraftverket ikke er under kontroll, sier atomfysiker Nils Bøhmer i miljøstiftelsen Bellona til NRK.
– Det overrasker meg hvis det er problemer i reaktor to igjen. Jeg har tidligere fått inntrykk av at situasjonen var noenlunde under kontroll der, legger Bøhmer til.
Etter en delvis forbedring i situasjonen ved kraftverket de siste dagene, er situasjonen fortsatt uavklart.
Vil ikke utvide evakueringssone
I reaktor 1 steg temperaturen til nesten 400 grader onsdag, men ifølge myndighetene utgjorde ikke den sterke varmen noen umiddelbar fare.
Myndighetene sier at det ikke er behov for å utvide evakueringssonen rundt kjernekraftverket, som nå er på 20 kilometer.
- SE GRAFIKK: Naturkatstrofen i Japan, dag for dag
Teknikere ved kraftverket klarte mandag å gjenopprette strømtilførselen til alle de seks reaktorene.
Med det steg håpet om å få kjølesystemene ved kjernekraftverket i gang igjen, slik at Japan kunne unngå en atomkatastrofe.
- SE GRAFIKK: Japan før og etter de voldsomme ødeleggelsene
Radioaktivt jod i drikkevann
Japanerne merker allerede konsekvensene av atomulykken etter jordskjelvet og tsunamien 11. mars.
Det er påvist radioaktivt jod i drikkevannet i Tokyo. Strålingsnivået er høyere enn det som regnes som trygt for spedbarn.
Myndighetene ber innbyggerne i byen om ikke å la små barn drikke vann fra springen. Vannet bør heller ikke brukes i morsmelkerstatninger.
I en av vannprøvene er det målt 210 becquerel per kilo. Grensen for hva som anses for å være trygt for spedbarn, er 100 becquerel per kilo.
Frykten for en større atomulykke har ført til at 25 land har stengt sine ambassader i Tokyo til nå.
- LES OGSÅ: – Droppet flere sikkerhetssjekker
- LES OGSÅ: Høge strålingsverdiar målte i sjøen
- LES OGSÅ: – Mer stråling i Oslo enn i Tokyo