Auksjonshuset Christie's hadde på forhånd verdsatt medaljen til mellom 18 og 25 millioner kroner, men budene fortsatt helt til en ukjent kjøper la inn et vinnerbud på 4,75 millioner dollar.
Manus i millionklassen
86 år gamle Watson fikk medaljen da han vant Nobelprisen i medisin for sin DNA-forskning i 1962.
Under torsdagens auksjon gikk også Watsons håndskrevne notater til talen han holdt under Nobel-banketten under hammeren og innbrakte drøyt 2,6 millioner kroner.
Et 46 sider langt manuskript til foredraget han holdt under Nobel-konferansen ble solgt for 1,7 millioner kroner.
Omstridt
Watson er en svært kontroversiell mann og har kommet med flere provoserende uttalelser, blant annet om kvinner og svarte. Kritikerne anklager ham for å være rasist og sexistisk.
I et intervju med The Sunday Times i 2007, hevdet han blant annet at svarte mennesker er mindre intelligente enn hvite.
Deler av inntektene fra medaljen og manuskriptene har han lovet å gi til University of Chicago, der han i sin tid studerte, samt til Clare College ved University of Cambridge der han arbeidet.
Også Cold Spring Harbor Laboratory, der Watson var president i mange år, skal få nyte godt av salget, har han lovet.