Tegningen hans av profeten Mohammeds hode på en hundekropp ble gjengitt i en svensk regionavis i august 2007, og deretter i flere svenske aviser.
Dette utløste voldsomme reaksjoner. 31. august samme år ble det arrangert demonstrasjoner mot tegningen i Pakistan der dokker som forestilte kunstneren og Sveriges statsminister Fredrik Reinfeldt ble brent.
Vilks har mottatt mange trusler fra hele verden som følge av tegningen.
- I oktober 2009 ble Colleen LaRose (Jihad Jane) pågrepet i USA for planer om å drepe Vilks.
- I mars 2010 ble sju personer pågrepet i Irland mistenkt for lignende planer.
- I mai 2010 ble det kastet en brannbombe mot kunstnerens hjem i nærheten av Hoganas i Skåne.
- I september 2011 ble tre menn pågrepet i Gøteborg. De ble tiltalt for å ha planlagt å drepe Vilks, men ble senere frikjent.
Al-Qaidas påståtte leder i Irak, Abu Omar al-Baghdadi, en belønning på 100.000 dollar til den som dreper kunstneren. Sveriges muslimske råd (SMR), en av landets største muslimske organisasjoner, tok sterk avstand fra truslene fra Baghdadi.
Vilks tegnet for øvrig også en «jødepurke», et utbredt antijudaistisk motiv i kirkekunsten i middelalderen, og en «Jesus-elefant» da noen mente han ikke våget å tegne en jøde som et svin.
Vilks forsøk på å vise fri og uavhengig kunst ble også forsvart av muslimske og jødiske intellektuelle i Sverige.